มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้ดำเนินการตามหลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วยมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการควบคุมภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ พ.ศ.2561 เพื่อสร้างความมั่นใจอย่างสมเหตุสมผลว่าการดำเนินงานของหน่วยงานจะบรรลุวัตถุประสงค์ของการควบคุมภายในด้านประสิทธิผลและประสิทธิภาพของการดำเนินงาน โดยได้รายงานการควบคุมภายในให้กระทรวงอุดมศึกษาฯ ภายใน 90 วันนับจากวันสิ้นปีงบประมาณ