เพื่อให้มหาวิทยาลัยขอนแก่น มีการจัดโครงสร้างองค์กรให้สอดคล้องตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยขอนแก่น พ.ศ.2558 และเพื่อเกื้อหนุนให้ส่วนงานและหน่วยงาน มีระบบการบริหารที่คล่องตัว มีประสิทธิภาพเกิดการใช้ทรัพยากรร่วมกันอย่างคุ้มค่า โดยเฉพาะการจัดโครงสร้างในระดับส่วนงาน อันประกอบด้วย การจัดตั้งส่วนงาน การรวมส่วนงาน และการยุบเลิกส่วนงาน รวมไปถึงการจัดโครงสร้างในระดับหน่วยงาน คือ การจัดตั้งหน่วยงาน การยุบเลิกหน่วยงาน การรวมหน่วยงาน และการปรับภารกิจเปลี่ยนสถานะ เปลี่ยนชื่อหน่วยงาน ทั้งนี้ แต่ละส่วนงานสามารถปรับโครงสร้างให้สอดคล้องกับนโยบายการพัฒนาประเทศ มหาวิทยาลัย และส่วนงาน โดยส่วนงานดำเนินการจัดทำข้อเสนอ และผ่านความเห็นชอบจากคณะกรรมการประจำส่วนงาน เพื่อเสนอต่อกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยขอนแก่น (กรณีระดับหน่วยงาน) และเสนอต่อสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น (กรณีระดับส่วนงาน)