หลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วยมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการควบคุมภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ พ.ศ.2561 กำหนดให้หน่วยงานของรัฐจัดให้มีการควบคุมภายในเพื่อให้เกิดความมั่นใจอย่างสมเหตุสมผลว่าจะบรรลุวัตถุประสงค์ด้านการดำเนินงาน ด้านการรายงาน และด้านการปฏิบัติตามกฏหมาย ระเบียบและข้อบังคับ โดยต้องรายงานการควบคุมภายในต่อกระทรวงอุดมศึกษา วิจัยและนวัตกรรม (กระทรวง อว.) ภายใน 90 วัน นับจากวันสิ้นปีงบประมาณหรือสิ้นปีปฏิทิน เพื่อให้กระทรวง อว. รวบรวมและสรุปรายงานต่อกระทรวงการคลังภายใน 150 วัน นับจากวันสิ้นปีงบประมาณหรือสิ้นปีปฏิทินแล้วแต่กรณี

การควบคุมภายในเป็นเครื่องมือสนับสนุนให้สามารถขับเคลื่อนการปฏิบัติงานให้บรรลุวัตถุประสงค์ที่กำหนด ทั้งนี้ การควบคุมภายในประกอบด้วย 5 องค์ประกอบ ดังนี้

1) สภาพแวดล้อมการควบคุม (Control Enviroment)

2) การประเมินความเสี่ยง (Risk Assessment)

3) กิจกรรมควบคุม (Control Activities)

4) สารสนเทศและการสื่อสาร (Infomation and Communication)

5) กิจกรรมการติดตามผล (Monitoring Activities)